Hola David y Gregorio!
Aquí tenéis un hilo que os puede ayudar:
https://stackoverflow.com/questions/34643888/how-do-i-append-data-from-a-data-frame-in-r-to-an-excel-sheet-that-already-exist
Este problema lo solucioné como pone en el hilo que os comparto y funcionó!
Dime si os funciona!
Abrazos!